В одном из файлов:

C:\Users\имя пользователя\AppData\Local\4A Games\Metro 2033\1100001020299c3\user.cfg
C:\Users\имя пользователя\AppData\Local\4A Games\Metro Last Light\1100001020299c3\user.cfg

меняем строку:

r_fullscreen on

на:

r_fullscreen off

То есть переключаем полноэкранный режим на оконный.